L'endométriose peut altérer la fertilité par plusieurs mécanismes. Elle peut provoquer des adhérences et des blocages dans les organes reproducteurs, en particulier les trompes de Fallope, empêchant ainsi l'ovule d'atteindre l'utérus. La formation d'endoméatriomes (kystes chocolat) dans les ovaires peut entraver une ovulation saine et diminuer la réserve ovarienne, réduisant ainsi davantage les chances de conception. De plus, les cytokines inflammatoires et les facteurs humoraux libérés par les lésions endométriosiques peuvent affecter négativement le développement et l'implantation de l'embryon. Suite à un traitement approprié, une augmentation de 40% des taux de grossesse est rapportée dans les deux ans. Si la conception naturelle reste infructueuse, des techniques de procréation médicalement assistée telles que la fécondation in vitro (FIV) peuvent être envisagées.