La biopsie par aspiration à l'aiguille fine (BAAF) est généralement une procédure indolore car elle est réalisée sous anesthésie locale. Cependant, un léger inconfort ou une sensation de pression peut survenir en raison de la nécessité de maintenir la tête immobile dans une position spécifique pendant l'intervention. Dans le cas d'une biopsie ouverte, le patient étant sous anesthésie générale, aucune douleur ni sensation ne sera perçue pendant la procédure.