Pendant la procédure d'EMG, des stimulations électriques inoffensives et de basse fréquence sont appliquées au corps. Ces stimulations ne provoquent généralement pas de douleur. Le niveau d'inconfort causé par les électrodes-aiguilles stériles à usage unique insérées dans les muscles est également généralement très léger. Rarement, de petits saignements sous-cutanés ou de légères ecchymoses peuvent survenir aux points d'insertion de l'aiguille.