La grande majorité des patients atteints de myocardite se rétablit complètement. Cependant, chez certains patients, des complications cardiaques graves peuvent se développer en raison de cette affection. En particulier, les cas de myocardite observés chez les nourrissons peuvent suivre une évolution plus grave et comporter un risque plus élevé de causer des lésions cardiaques permanentes.