Les protocoles de suivi après un traitement par cellules souches varient en fonction du type de procédure effectuée et de la condition traitée. Particulièrement pour les applications de cellules souches nécessitant une intervention chirurgicale, un suivi objectif peut être réalisé à l'aide de méthodes d'imagerie radiologique telles que la résonance magnétique (IRM). Les changements dans le niveau de douleur du patient et son état fonctionnel doivent être régulièrement évalués comme des indicateurs importants de la réponse au traitement. Le processus de suivi est déterminé par le médecin spécifiquement pour la situation individuelle du patient et le traitement administré.