Lorsque réalisée par un spécialiste expérimenté avec guidage par imagerie, le risque de complications lors des biopsies par aiguille trocart est assez faible. Les complications rarement observées incluent les saignements et le pneumothorax (accumulation d'air autour de la membrane pleurale). Ces conditions se résolvent généralement spontanément sans nécessiter d'intervention.