Il est crucial de diagnostiquer correctement et de déterminer le type de reflux chez les nourrissons. Généralement, le reflux observé après chaque repas, caractérisé par de petites quantités de régurgitations, l'absence de bile ou de sang dans les vomissements, et un bon développement général du bébé, est considéré comme physiologique (normal). Cependant, si des signes tels qu'une stagnation de la prise de poids du bébé ou une perte de poids réelle sont présents, un reflux pathologique doit être suspecté, et une évaluation médicale détaillée est nécessaire. Un reflux pathologique non traité peut entraîner divers problèmes de santé graves chez les nourrissons et peut, à long terme, préparer le terrain au développement d'autres maladies. Les principales complications incluent la perte de poids, le retard de croissance, la douleur due à l'irritation de l'œsophage et la perte d'appétit. Des perturbations du sommeil, de l'agitation, et des difficultés à s'endormir et à rester endormi peuvent survenir. Les vomissements continuellement récurrents augmentent le risque que du lait ou du contenu gastrique pénètre dans la trachée (aspiration), entraînant des infections pulmonaires fréquentes. De plus, des lésions des cordes vocales peuvent survenir, et des problèmes respiratoires tels qu'une respiration sifflante ou des râles excessifs dus à une obstruction bronchique dans les voies respiratoires peuvent être observés.