El trasplante de células madre no es una opción de tratamiento necesaria o adecuada para todos los pacientes con leucemia aguda. La decisión para el trasplante se toma evaluando factores como el recuento de glóbulos blancos al inicio de la enfermedad, la respuesta a la terapia de inducción de la remisión, el estado de enfermedad residual mínima y el tipo de mutaciones genéticas detectadas. Con base en estos datos, se determina el grupo de riesgo del paciente. En pacientes de alto riesgo, se prefiere el trasplante alogénico de células madre de un hermano o de un donante compatible no emparentado. Se toman muestras de sangre del paciente programado para el trasplante y de los posibles donantes para evaluar la compatibilidad tisular, y la decisión final del trasplante se toma según el grado de compatibilidad.