La enfermedad de Kawasaki no se clasifica como una enfermedad directamente hereditaria. Sin embargo, existen pruebas sólidas que sugieren que la predisposición genética juega un papel en su desarrollo. Los niños con antecedentes familiares de enfermedad de Kawasaki (especialmente si un hermano ha padecido la enfermedad) o aquellos con marcadores genéticos específicos tienen un mayor riesgo de desarrollar la enfermedad. Esto indica que los factores genéticos contribuyen significativamente a la aparición de la enfermedad.