La endoscopia se considera generalmente un procedimiento seguro, especialmente en comparación con las intervenciones quirúrgicas. Sin embargo, como todos los procedimientos médicos, conlleva un pequeño grado de riesgo.

Los riesgos potenciales, aunque poco frecuentes, incluyen:
* Hemorragia: Esto puede ocurrir durante procedimientos diagnósticos, terapéuticos o de biopsia.
* Infección: El riesgo de infección es bajo para la mayoría de los exámenes endoscópicos y biopsias. Sin embargo, puede aumentar si se realizan procedimientos adicionales como parte de la endoscopia. La mayoría de las infecciones son menores y pueden tratarse con antibióticos. Se pueden administrar antibióticos profilácticos si tiene un mayor riesgo de infección.
* Perforación: En raras ocasiones, puede producirse un desgarro o perforación del esófago o de otra parte del tracto gastrointestinal superior, lo que podría provocar daños orgánicos.
* Reacción a la sedación: Para garantizar la comodidad del paciente durante el procedimiento, se suele administrar sedación antes de una endoscopia superior. Aunque es extremadamente raro, son posibles las reacciones adversas a los agentes sedantes.

Los pacientes deben buscar atención médica inmediata si experimentan alguno de los siguientes síntomas después de una endoscopia:
* Dolor en el pecho
* Fiebre
* Dolor persistente en el sitio de la endoscopia
* Dificultad para respirar
* Dificultad para tragar
* Dolor abdominal intenso y persistente
* Vómitos