La enfermedad de manos, pies y boca (EMPM) es altamente contagiosa y se propaga fácilmente entre individuos. La transmisión ocurre principalmente a través de gotitas respiratorias (al toser o estornudar), el contacto directo con el líquido de las ampollas o el contacto con materia fecal. Las personas son típicamente más contagiosas antes de que se desarrolle la erupción y durante los primeros 7 a 10 días de la enfermedad. Cabe destacar que el virus aún puede ser excretado y transmitido incluso después de que los síntomas hayan desaparecido.
Para mitigar su propagación, los individuos afectados deben practicar rigurosamente el lavado frecuente de manos con agua y jabón, cubrirse la boca y la nariz con un pañuelo al toser o estornudar (desechando los pañuelos rápidamente), abstenerse de compartir artículos personales como toallas, tazas y utensilios, y evitar asistir a la escuela, guardería o trabajo hasta que ya no sean infecciosos.