La CPRE es generalmente un procedimiento de bajo riesgo cuando es realizada por gastroenterólogos especializados y con experiencia en el campo. Sin embargo, como con cualquier intervención médica, algunas complicaciones pueden ocurrir raramente. Las posibles complicaciones incluyen pancreatitis (inflamación del páncreas), colangitis (inflamación del conducto biliar) o colecistitis (inflamación de la vesícula biliar). También pueden surgir complicaciones más graves, pero muy raras, como hemorragias o perforaciones (punción) después de una incisión (esfinterotomía) realizada para ensanchar el conducto biliar. Por lo tanto, la experiencia del especialista que realiza el procedimiento y el equipamiento adecuado del centro de salud donde se llevará a cabo el procedimiento son de importancia crítica.