La fisura labio-palatina se observa en aproximadamente 1 de cada 1000 nacimientos, mientras que la fisura palatina aislada ocurre en 1 de cada 2500 nacimientos. La fisura labio-palatina es dos veces más común en niños varones, mientras que la fisura palatina aislada es dos veces más prevalente en niñas. Esta diferencia de género se debe a que la fusión de los procesos mesodérmicos dentro de la boca durante el período embrionario ocurre aproximadamente una semana más tarde en las niñas; la falta de fusión de estos procesos conduce a la formación de una fisura palatina. Geográfica y étnicamente, la fisura labio-palatina se observa con mayor frecuencia en poblaciones de Asia Oriental, mientras que es menos común entre los afroamericanos. No se observa una diferencia significativa entre los grupos étnicos para la fisura palatina aislada.