El diagnóstico de epididimitis se establece típicamente mediante un examen físico. Se puede realizar un tacto rectal para evaluar el agrandamiento o la sensibilidad prostática. Si hay secreción uretral, se puede recolectar una muestra para análisis de laboratorio con el fin de detectar infecciones de transmisión sexual como la gonorrea y la clamidia. Las muestras de orina y sangre se analizan en busca de cualquier anomalía. La ecografía Doppler color puede utilizarse para evaluar el flujo sanguíneo a los testículos, lo que ayuda a confirmar el diagnóstico de epididimitis al identificar cualquier desviación del flujo sanguíneo normal.