Anizokori tedavisi, nedenine yönelik teşhis konulduktan sonra belirlenir. Fizyolojik anizokori, yani başka bir hastalıktan kaynaklanmıyorsa tedavi gerekmeyebilir. Patolojik anizokoride ise, duruma özgü tedavi uygulanır. Anizokorinin tedavisinde kullanılabilecek yöntemler şunlardır:

* Sinir basısına yol açan bir tümör varsa cerrahi müdahale gerekebilir.
* Göz yaralanması varsa, ciddiyetine bağlı olarak cerrahi müdahale veya ilaç tedavisi uygulanır.
* Glokom gibi durumlarda göz içi basıncını kontrol altına almak için ilaçlar veya cerrahi yöntemler kullanılır.
* Bir ilaca bağlı gelişen anizokoride, ilaç değiştirilebilir veya dozu ayarlanabilir.
* Migren veya küme baş ağrılarından kaynaklanıyorsa, migren tedavisi uygulanır.
* Vücutta iltihap varsa, antibiyotikler, antiviral ilaçlar veya steroidler gibi iltihap giderici ilaçlar kullanılabilir.