La orquitis y la epididimoorquitis pueden cronificarse si no se tratan de manera oportuna y adecuada. En casos crónicos, pueden presentarse ataques dolorosos e inflamatorios periódicos. Una infección no tratada puede progresar a la formación de un absceso, lo que podría requerir una intervención quirúrgica. Particularmente en hombres jóvenes, la obstrucción de los conductos epididimarios causada por la epididimitis puede provocar daños permanentes e infertilidad.