Die genaue Ätiologie der Endometriose ist nach wie vor unbekannt. Die am weitesten verbreitete Theorie, bekannt als retrograde Menstruation, besagt, dass während des Menstruationsflusses Endometriumgewebe rückwärts durch die Eileiter fließt und sich in den Becken- und Bauchhöhlen ansiedelt, wo es weiterwächst. Es wird auch die Hypothese aufgestellt, dass eine veränderte Immunantwort zur Persistenz und Proliferation dieser ektopischen Endometriumimplantate beitragen könnte.