Im Hals, im intrathorakalen Ösophagus und im unteren Ösophagusabschnittsübergang zum Magen können verschiedene Erkrankungen auftreten, wie Ösophagustumoren, Divertikel (Ausstülpungen) der Speiseröhre (Zenker-Divertikel im Hals, mittelthorakale und epifrenische Divertikel im unteren Abschnitt), massive Hiatushernien (wobei mehr als 1/3 des Magens im Thorax liegt), Achalasie und Motilitätsstörungen, Ösophagusspasmen, Ösophagusstenosen und -verbrennungen sowie Ösophagusrupturen und tracheoösophageale Fisteln.