Oligospermie kann viele Ursachen haben. Eine der häufigsten Ursachen bei Männern ist Varikozele. Bei Vorliegen einer Varikozele kann Oligospermie auftreten. Diese kann nach einer Varikozel-Operation besser werden, jedoch ist eine Besserung nicht immer garantiert und eine Verschlechterung ist ebenfalls möglich. Neben Varikozele können verschiedene Infektionen, Ejakulationsprobleme wie zu frühes oder zu häufiges Samenerguss oder lange Abstinenz zu Oligospermie führen. Bei Säuglingen mit Hodenhochstand besteht, falls die Operation nach dem zweiten Lebensjahr erfolgt, häufig ein erhöhtes Risiko für Oligospermie. Eltern sollten diesem Aspekt besondere Aufmerksamkeit schenken. Säuglinge mit Hodenhochstand sollten unbedingt vor dem zweiten Lebensjahr operiert werden. Darüber hinaus können chromosomale Anomalien, Zöliakie, einige Operationen wie z.B. eine Leistenbruch-Operation und langfristige Exposition gegenüber Chemikalien wie Farben, Pestiziden und Blei zu Oligospermie führen. Auch Tabakkonsum, Übergewicht, Depressionen und übermäßiger Alkoholkonsum können Oligospermie verursachen.