Diagnostisch: Eine Endoskopie kann aufgrund vieler Symptome durchgeführt werden.

- Anormale Blutungen
- Hartnäckige Bauchschmerzen
- Schluckbeschwerden, Dysphagie oder Ösophagusobstruktion
- Anhaltende Übelkeit
- Lang anhaltende Diarrhö und Verstopfung
- Unerklärter Gewichtsverlust
- Magengeschwür
- Infektionen
- Pankreatitis
- Gallensteine
- Tumoren
- Zur Abklärung verschiedener Erkrankungen des Verdauungstrakts.

Therapeutisch: Durch Anbringen spezieller Instrumente an das Endoskop kann dieses auch therapeutisch eingesetzt werden. Ösophagusstrikturen können erweitert, Flüssigkeiten abgeleitet, Polypen entfernt, Fremdkörper extrahiert und sogar kleine Organe wie z.B. eine infizierte Gallenblase entfernt werden.

Darüber hinaus wird die Endoskopie manchmal mit anderen Verfahren wie Ultraschall kombiniert. Bei der sogenannten endoskopischen Sonographie (EUS) kann ein Ultraschallkopf an das Endoskop angeschlossen werden. So können detaillierte Bilder der Ösophagus- oder Magenschleimhaut gewonnen und schwer zugängliche Organe wie die Bauchspeicheldrüse besser dargestellt werden.