Nach dem Entnahmeverfahren wird der Spender in der Regel 24 Stunden lang beobachtet, bevor er entlassen wird. Das gesammelte Knochenmark wird anschließend durch spezialisierte Filter geleitet, um beigemischtes Fett oder kleine Knochenfragmente zu entfernen. Ist es nicht für den sofortigen Gebrauch bestimmt, wird es in speziellen Lösungen kryokonserviert. Bei Bedarf wird es aufgetaut und dem Patienten ähnlich einer Bluttransfusion verabreicht. Nach der Infusion wandern diese hämatopoetischen Stammzellen in das Knochenmark des Empfängers, wo sie typischerweise innerhalb von 2-4 Wochen mit der Produktion neuer Blutzellen beginnen.