Eine Knochenmarkbiopsie wird hauptsächlich zur Differentialdiagnose verschiedener Knochenmark- und Bluterkrankungen durchgeführt. Ihre Indikationen umfassen, sind aber nicht beschränkt auf:
* Die Untersuchung persistierender Anämien, die gegen Standardbehandlungen resistent sind und nicht auf Ernährungsdefizite (z. B. Eisen, B12, Folsäure) zurückzuführen sind.
* Die Bewertung abnormaler Leukozytenzahlen (Leukopenie oder Leukozytose) und Thrombozytenzahlen (Thrombozytopenie oder Thrombozytose), oft in Verbindung mit Anämie.
* Die Diagnose von Stoffwechselerkrankungen, die das Knochenmark betreffen, wie z. B. Glykogenspeichererkrankungen.
* Die Stadieneinteilung von Lymphomen und die Beurteilung von Metastasen solider Organkrebsarten im Knochenmark.
* Die Diagnose von Knochenmarkversagenssyndromen, einschließlich aplastischer Anämie und myelodysplastischer Syndrome.