Endometriose kann eine wesentliche Ursache für Unfruchtbarkeit bei Frauen sein, die Schwierigkeiten haben, schwanger zu werden. In einigen Fällen kann durch Endometriose verursachtes Narbengewebe (Verwachsungen) zu Verstopfungen in den Eileitern führen und so eine Schwangerschaft verhindern. Bei den meisten Frauen sind die genauen Mechanismen, durch die Endometriose die Fruchtbarkeit beeinflusst, jedoch noch nicht vollständig verstanden.

Mechanismen, durch die Endometriose zur Unfruchtbarkeit beitragen kann, sind:
Reduzierte ovarielle Reserve: Sie kann die Anzahl der Eizellen in den Eierstöcken (ovarielle Reserve) verringern.
Ovulatorische Dysfunktion: Sie kann den regelmäßigen Eisprung stören.
Eileiterverschluss: Sie kann Blockaden in den Eileitern verursachen, die das Zusammentreffen von Spermien und Eizelle verhindern.
Toxinproduktion: Sie kann zur Produktion natürlicher Toxine führen, die Spermien negativ beeinflussen oder dem Embryo schaden können.
Implantationsversagen: Sie kann verhindern, dass sich der Embryo in der Gebärmutterwand einnistet.
Negative Auswirkung auf die Embryoentwicklung: Sie kann die gesunde Entwicklung des Embryos beeähchtigen.