Für die Kapselendoskopie kommt der Patient am Morgen des Eingriffs nüchtern in die Klinik. Die Kapsel wird dem Patienten mit einem Glas Wasser verabreicht und geschluckt. Zwei Stunden nach der Einnahme der Kapsel darf der Patient Flüssigkeiten zu sich nehmen; nach vier Stunden sind leichte feste Speisen erlaubt. Der Patient wird aufgefordert, etwa sechs Stunden später in die Klinik zurückzukehren. Um die Darmbewegung zu fördern und somit das Fortschreiten der Kapsel im Darm zu erleichtern, werden leichte Spaziergänge empfohlen. Intensive Aktivitäten wie Laufen, Springen und schweißtreibende Übungen sollten jedoch strikt vermieden werden. Es wird erwartet, dass die Kapsel, deren Batterielaufzeit etwa 8 Stunden beträgt, innerhalb dieser Zeit den gesamten Dünndarm durchquert und den Dickdarm erreicht hat. Während des Eingriffs ist darauf zu achten, dass sich die Geräteverbindungen nicht lösen, und die Warnleuchten am Aufnahmegerät sollten regelmäßig überprüft werden. Nach Ablauf dieser Zeit wird das Aufnahmegerät vom Patienten entfernt, an einen Computer angeschlossen und alle Bilder werden übertragen. Mit einer speziellen Software werden Tausende von aufgenommenen Bildern sichtbar und analysierbar. Der Arzt wertet die vom Gerät aufgezeichneten Fotos über einen Zeitraum von etwa 3 Stunden aus und erstellt einen Befundbericht.