La méthode d'endoscopie peut être utilisée à des fins diagnostiques et thérapeutiques. Le médecin et le service effectuant la procédure endoscopique peuvent varier en fonction de l'organe à examiner. Cependant, pour une endoscopie de la partie supérieure, définie comme une endoscopie de l'œsophage, de l'estomac et du duodénum, il est nécessaire de consulter un gastro-entérologue ou un chirurgien général. L'expérience du médecin effectuant l'endoscopie permet de prévenir les complications éventuelles.