Кросс-линкинг считается весьма надежным методом, если тщательная оценка пациента приводит к правильному выбору пациента, используется высококачественное оборудование и растворы, а также строго соблюдаются гигиенические протоколы. Тем не менее, как и любая медицинская процедура, кросс-линкинг сопряжен с потенциальными побочными эффектами и осложнениями. Крайне важно, чтобы эти риски были полностью объяснены пациенту и его родственникам до начала процедуры.