Лечение кросс-линкингом не может быть применено пациентам с кератоконусом на продвинутой стадии, у которых имеются выраженные рубцы (помутнения) или трещины на роговице, либо сильно истонченная роговица. Поэтому ранняя диагностика и своевременное вмешательство имеют критическое значение для остановки прогрессирования заболевания и оценки подходящих вариантов лечения.