Колоноскоп представляет собой гибкую трубку, на конце которой находится встроенная камера и источник света. Устройство также оснащено механизмом подачи воздуха для облегчения детальной визуализации толстого кишечника и рабочим каналом, который позволяет удалять такие структуры, как полипы, при необходимости. Гибкая часть колоноскопа обычно имеет длину около 60 см и диаметр 1 см.