Расщелина губы и нёба встречается примерно в 1 из 1000 рождений, в то время как изолированная расщелина нёба наблюдается в 1 из 2500 рождений. Расщелина губы и нёба в два раза чаще встречается у мальчиков, тогда как изолированная расщелина нёба в два раза чаще встречается у девочек. Эта гендерная разница объясняется тем, что слияние мезодермальных отростков в полости рта в эмбриональный период у девочек происходит примерно на неделю позже; если эти отростки не сливаются, образуется расщелина нёба. Что касается географических и этнических факторов, расщелина губы и нёба чаще наблюдается у населения Восточной Азии, в то время как у афроамериканцев она встречается реже. Существенных различий между этническими группами в случае изолированной расщелины нёба не наблюдается.