Протоколы последующего наблюдения после лечения стволовыми клетками различаются в зависимости от типа проведенной процедуры и лечимого состояния. Особенно при применении стволовых клеток, требующих хирургического вмешательства, объективное наблюдение может проводиться с использованием радиологических методов визуализации, таких как магнитно-резонансная томография (МРТ). Изменения уровня боли у пациента и его функционального состояния следует регулярно оценивать как важные показатели ответа на лечение. Процесс последующего наблюдения определяется врачом индивидуально для конкретного состояния пациента и назначенного лечения.