Лечение мальабсорбции начинается с выявления и устранения основной причины. Например, если мальабсорбция вызвана болезнью Крона, лечение болезни Крона медикаментами устранит мальабсорбцию. Аналогично, если причиной является целиакия, соблюдение безглютеновой диеты облегчит проблему. В ходе этого процесса пациенты часто получают основные витаминные и минеральные добавки, такие как кальций, витамин D, железо, фолиевая кислота и B12, для коррекции дефицита питательных веществ. При потере веса могут быть назначены высококалорийные диеты. Лицам с панкреатической недостаточностью назначается ферментозаместительная терапия для компенсации недостаточной секреции панкреатических ферментов. В случаях, когда пероральное или энтеральное питание неадекватно, применяется полное парентеральное питание (ППП) внутривенным путем. Этот метод включает введение питательных растворов, индивидуально приготовленных в соответствии с конкретными потребностями пациента, непосредственно в кровоток для обеспечения необходимыми калориями, витаминами и минералами.