Капсульная эндоскопия в основном используется для исследования причин необъяснимых желудочно-кишечных кровотечений и диагностики воспалительных заболеваний, поражающих тонкий кишечник, таких как болезнь Крона. Кроме того, это эффективный метод для изучения состояний, сопровождающихся такими симптомами, как необъяснимая железодефицитная анемия, хроническая диарея, боли в животе и потеря веса, а также для диагностики полипов или опухолей в тонком кишечнике.