O transplante alogênico de células-tronco é o processo de transferência de células-tronco de um doador (irmão, parente ou doador não aparentado) que não seja o próprio paciente. Ao contrário dos transplantes autólogos, os transplantes alogênicos criam uma nova resposta do sistema imunológico para combater o câncer. Neste processo, as células do sistema imunológico são transplantadas juntamente com as células-tronco do doador. No entanto, se os linfócitos do doador perceberem algumas células no corpo do receptor como estranhas, eles podem iniciar uma reação contra elas. Isso pode levar à doença do «enxerto contra hospedeiro» (DECH), que pode causar danos graves aos órgãos do receptor. Para mitigar esse risco, medicamentos imunossupressores são administrados ao paciente após o transplante para tentar prevenir a reação dos linfócitos doador. Para minimizar o risco de DECH, busca-se o maior grau possível de compatibilidade tecidual entre o paciente e o doador.