No tratamento do seio pilonidal, a intervenção cirúrgica é o método mais eficaz e frequentemente preferido. As opções de tratamento não cirúrgico incluem a drenagem do cisto, aplicação de fenol, terapia a laser e uso de antibióticos para controle de infecção. Esses métodos alternativos podem ser geralmente considerados para casos inadequados para cirurgia ou em estágios iniciais; no entanto, suas taxas de recorrência podem ser mais altas em comparação com a cirurgia. Aplicações de suporte, como compressas quentes, podem aliviar temporariamente o desconforto na área, mas não proporcionam uma cura definitiva. O objetivo principal da intervenção cirúrgica é a remoção completa do trato do seio pilonidal e o posicionamento da incisão cirúrgica o mais afastado possível do sulco interglúteo para influenciar positivamente a cicatrização. Antes da cirurgia, é de suma importância controlar uma infecção existente com tratamento antibiótico.