Para o procedimento de endoscopia por cápsula, o paciente deve comparecer à clínica em jejum na manhã do exame. A cápsula é ingerida pelo paciente com um copo de água. Duas horas após a ingestão da cápsula, o paciente pode consumir líquidos; após quatro horas, alimentos sólidos leves podem ser consumidos. O paciente deve retornar à clínica aproximadamente seis horas depois. Para facilitar a progressão da cápsula pelo intestino, aumentando a motilidade intestinal, caminhadas leves são recomendadas. No entanto, atividades extenuantes como correr, pular e exercícios que causem transpiração devem ser estritamente evitadas. Espera-se que a cápsula, que tem uma vida útil da bateria de aproximadamente 8 horas, tenha percorrido todo o intestino delgado e alcançado o intestino grosso até o final deste período. Durante o procedimento, deve-se ter cuidado para garantir que as conexões do dispositivo não se soltem, e as luzes de aviso no dispositivo de gravação devem ser verificadas periodicamente. Ao final deste período, o dispositivo de gravação é removido do paciente, conectado a um computador, e todas as imagens são transferidas. Milhares de imagens capturadas tornam-se visíveis através de um software especial. O médico revisa as fotos gravadas pelo dispositivo por aproximadamente 3 horas e relata os achados.