जब कोई मरीज हैजा के संभावित लक्षणों के साथ अस्पताल में आता है, तो एक चिकित्सक द्वारा शारीरिक परीक्षण किया जाता है। हैजा के निदान की निश्चित रूप से पुष्टि करने के लिए, रोगी से मल (शौच) का नमूना एकत्र किया जाता है और एक प्रयोगशाला में भेजा जाता है। एकत्र किए गए मल के नमूने को तब एक विशेष माइक्रोस्कोप के तहत जांचा जाता है। यदि मल परीक्षण में विब्रियो कोलेरी (Vibrio cholerae) जीवाणु की पहचान होती है, तो हैजा का निदान किया जाता है और उसके बाद एक उपचार योजना विकसित की जाती है। बीमारी का शीघ्र निदान सफल उपचार की संभावनाओं को काफी बढ़ा देता है।