लिंग का जन्मजात छोटा होना, जिसे आमतौर पर माइक्रोपेनिस कहा जाता है, अक्सर भ्रूण के अंतःस्रावी तंत्र की कमी के कारण होता है। हाइपोगोनैडोट्रोपिक हाइपोगोनैडिज़्म, जो पुरुष गोनाडल हार्मोन के निम्न स्तर की विशेषता है, एक सामान्य कारण है। माइक्रोपेनिस विभिन्न आनुवंशिक सिंड्रोमों से भी जुड़ा हो सकता है या अज्ञात कारणों से विकसित हो सकता है।
लिंग का बाद में छोटा होना, जो जन्मजात मामलों से अलग है, विशिष्ट चिकित्सा स्थितियों, सर्जिकल हस्तक्षेपों और कुछ जन्मजात असामान्यताओं से जुड़ा हो सकता है। यह घटना पेरोनी रोग जैसी स्थितियों में, रेडिकल प्रोस्टेटेक्टोमी (जो अक्सर प्रोस्टेट कैंसर के लिए की जाती है) जैसी सर्जिकल प्रक्रियाओं के बाद, या विशिष्ट जन्मजात विकृतियों के कारण देखी जा सकती है।