पारिवारिक भूमध्यसागरीय बुखार (FMF) रोग, बार-बार होने वाले हमलों के परिणामस्वरूप विभिन्न गंभीर जटिलताओं को जन्म दे सकता है। ये जटिलताएँ आमतौर पर शरीर में एमाइलॉइड नामक एक असामान्य प्रोटीन के संचय (एमाइलॉयडोसिस) से शुरू होती हैं और इसमें निम्नलिखित स्थितियाँ शामिल हो सकती हैं:

* एमाइलॉयडोसिस और अंग क्षति: FMF के हमलों के दौरान, उत्पन्न एमाइलॉइड ए प्रोटीन शरीर में जमा हो सकता है और अंगों को नुकसान पहुँचा सकता है। विशेष रूप से गुर्दे में इसका जमाव, गंभीर गुर्दे की क्षति का कारण बन सकता है।
* गुर्दे की क्षति और विफलता: एमाइलॉयडोसिस का गुर्दों को प्रभावित करना नेफ्रोटिक सिंड्रोम का कारण बन सकता है। यह सिंड्रोम तब होता है जब गुर्दों की फ़िल्टरिंग प्रणालियाँ (ग्लोमेरुली) क्षतिग्रस्त हो जाती हैं, जिससे मूत्र में बड़ी मात्रा में प्रोटीन का नुकसान होता है। नेफ्रोटिक सिंड्रोम गुर्दों में रक्त के थक्के (गुर्दे की शिरा घनास्त्रता) या गुर्दे की विफलता जैसी अधिक गंभीर समस्याओं में प्रगति कर सकता है।
* महिलाओं में बांझपन: FMF से जुड़ी पुरानी सूजन, महिला प्रजनन अंगों को प्रभावित कर बांझपन का कारण बन सकती है।
* जोड़ों का दर्द (गठिया): पारिवारिक भूमध्यसागरीय बुखार वाले व्यक्तियों में गठिया काफी आम है। सबसे अधिक प्रभावित जोड़ घुटने, टखने, कूल्हे और कोहनी हैं।