गर्भवती माताओं में देखी जाने वाली कुछ स्थितियाँ और बीमारियाँ उनके शिशुओं में जन्मजात हृदय असामान्यताओं के जोखिम को बढ़ा सकती हैं। इस जोखिम को बढ़ाने वाले प्राथमिक कारक निम्नलिखित हैं:

* संपर्क (Exposures): माँ का टेराटोजेनिक एजेंटों (दवाएं, रसायन), विशिष्ट संक्रमणों (विशेष रूप से गर्भावस्था की पहली तिमाही के दौरान रूबेला, साइटोमेगालोवायरस आदि) या उच्च खुराक वाले आयनकारी विकिरण के संपर्क में आना। अत्यधिक शराब का सेवन भी एक जोखिम कारक है।
* मौजूदा चिकित्सीय स्थितियाँ:
* अनियंत्रित मधुमेह: मधुमेह के शुरुआती चरणों में अप्रभावी प्रबंधन जन्मजात हृदय रोग के जोखिम को 0.6-0.8% से 4-6% तक बढ़ा सकता है।
* फेनिलकेटोनुरिया (PKU): फेनिलकेटोनुरिया वाली माताओं के शिशुओं के लिए यह जोखिम 14% तक बढ़ सकता है।
* संयोजी ऊतक रोग: माँ को संयोजी ऊतक रोग होना।
* पारिवारिक इतिहास: जन्मजात हृदय रोग का पारिवारिक इतिहास, विशेष रूप से मातृ पक्ष में।