अनुपचारित कावासाकी रोग बच्चों में अधिग्रहित हृदय रोग का एक प्रमुख कारण है। समय पर हस्तक्षेप के बिना, यह महत्वपूर्ण हृदय संबंधी जटिलताओं को जन्म दे सकता है, जैसे: कोरोनरी धमनी विस्फार (एन्यूरिज्म), मायोकार्डियल इस्किमिया, माइट्रल रेगुर्गिटेशन सहित वाल्वुलर समस्याएं, और पेरिकार्डियल इफ्यूजन।