थायराइड की फाइन नीडल एस्पिरेशन (FNA) बायोप्सी को आमतौर पर एक बहुत ही सुरक्षित प्रक्रिया माना जाता है। हालांकि, किसी भी चिकित्सा प्रक्रिया की तरह, इसमें कुछ छोटे संभावित जोखिम होते हैं। इन जोखिमों में आमतौर पर बायोप्सी वाली जगह पर मामूली रक्तस्राव या चोट लगना, संक्रमण की थोड़ी संभावना और, बहुत कम ही, थायराइड ग्रंथि के पास की संरचनाओं को नुकसान होना शामिल है। आस-पास की संरचनाओं को नुकसान पहुंचने का जोखिम अल्ट्रासाउंड मार्गदर्शन के तहत प्रक्रिया किए जाने के कारण अत्यंत कम होता है। इसके अतिरिक्त, ऐसी संभावना भी है कि FNA बायोप्सी के परिणाम निश्चित रूप से यह निर्धारित न कर पाएं कि कोई नोड्यूल कैंसरग्रस्त है या नहीं। यदि ऐसा होता है, तो दोबारा बायोप्सी की आवश्यकता हो सकती है।