कुअवशोषण का उपचार अंतर्निहित कारण की पहचान और समाधान के साथ शुरू होता है। उदाहरण के लिए, यदि कुअवशोषण क्रोहन रोग के कारण होता है, तो दवाओं से क्रोहन रोग का इलाज करने से कुअवशोषण ठीक हो जाएगा। इसी तरह, यदि सीलिएक रोग इसका कारण है, तो ग्लूटेन-मुक्त आहार अपनाने से समस्या कम हो जाएगी। इस प्रक्रिया के दौरान, रोगियों को अक्सर पोषण संबंधी कमियों को दूर करने के लिए कैल्शियम, विटामिन डी, आयरन, फोलिक एसिड और बी12 जैसे आवश्यक विटामिन और खनिज पूरक प्राप्त होते हैं। जिन लोगों को वजन कम हो रहा है, उनके लिए उच्च-कैलोरी आहार निर्धारित किए जा सकते हैं। अग्नाशयी अपर्याप्तता वाले व्यक्तियों को अग्नाशयी एंजाइमों के अपर्याप्त स्राव की भरपाई के लिए एंजाइम प्रतिस्थापन चिकित्सा दी जाती है। उन मामलों में जहां मौखिक या आंतरायिक पोषण अपर्याप्त है, अंतःशिरा प्रशासन के माध्यम से कुल पैरेंट्रल पोषण (TPN) का उपयोग किया जाता है। इस विधि में रोगी की विशिष्ट आवश्यकताओं के अनुसार तैयार किए गए पोषक तत्व समाधानों को सीधे रक्तप्रवाह में पहुंचाना शामिल है ताकि आवश्यक कैलोरी, विटामिन और खनिज प्रदान किए जा सकें।