एंडोमेट्रियोसिस कई तंत्रों के माध्यम से प्रजनन क्षमता को बाधित कर सकता है। यह प्रजनन अंगों, विशेष रूप से फैलोपियन ट्यूब में आसंजन और रुकावट पैदा कर सकता है, जिससे अंडे को गर्भाशय तक पहुंचने से रोका जा सकता है। अंडाशय में एंडोमेट्रियोमा (चॉकलेट सिस्ट) का निर्माण स्वस्थ ओव्यूलेशन में बाधा डाल सकता है और डिम्बग्रंथि रिजर्व को कम कर सकता है, जिससे गर्भधारण की संभावना और कम हो जाती है। इसके अलावा, एंडोमेट्रियोटिक घावों से निकलने वाले सूजन संबंधी साइटोकिन्स और ह्यूमरल कारक भ्रूण के विकास और आरोपण पर प्रतिकूल प्रभाव डाल सकते हैं। उचित उपचार के बाद, दो साल के भीतर गर्भावस्था दर में 40% की वृद्धि दर्ज की गई है। यदि प्राकृतिक गर्भाधान असफल रहता है, तो इन विट्रो फर्टिलाइजेशन (आईवीएफ) जैसी सहायक प्रजनन तकनीकों पर विचार किया जा सकता है।