हालांकि ऑटोइम्यून रोगों के विकास के पीछे के सटीक कारण अभी भी अज्ञात हैं, पर आमतौर पर यह समझा जाता है कि वे आनुवंशिक प्रवृत्ति और पर्यावरणीय कारकों के बीच जटिल अंतःक्रियाओं से उत्पन्न होते हैं। इसके अलावा, लिंग, नस्ल और जातीय मूल जैसे जनसांख्यिकीय कारक ऑटोइम्यून स्थिति विकसित करने के बदले हुए जोखिम से जुड़े हैं। कुछ पर्यावरणीय जोखिमों के साथ ऑटोइम्यून रोगों की व्यापकता बढ़ने की प्रवृत्ति होती है।