एंडोस्कोपी प्रक्रिया शुरू होने से पहले, उल्टी और संभावित असुविधा को कम करने के लिए रोगी को बेहोश करने वाली दवा दी जाती है। मुंह को खुला रखने के लिए एक प्लास्टिक माउथगार्ड का उपयोग किया जाता है, और गले को सुन्न करने के लिए गले के पिछले हिस्से में एक एनेस्थेटिक स्प्रे लगाया जाता है। इसके बाद एंडोस्कोप को धीरे से मुंह में डाला जाता है। जब एंडोस्कोप आपके गले से गुजरता है तो आपका डॉक्टर आपको निगलने के लिए कह सकता है। गले में दबाव की अनुभूति हो सकती है, लेकिन आमतौर पर महत्वपूर्ण दर्द महसूस नहीं होता है। एक बार जब एंडोस्कोप गले से गुजर जाता है, तो रोगी बोल नहीं पाएगा, लेकिन फिर भी आवाजें निकाल सकता है। एंडोस्कोपी सांस लेने में बाधा नहीं डालती है। प्रक्रिया के दौरान, छवियां परीक्षा कक्ष में एक स्क्रीन पर प्रसारित की जाती हैं। आपके पाचन तंत्र की इन स्कैनिंग छवियों को बाद में समीक्षा और विश्लेषण के लिए रिकॉर्ड किया जाता है। बेहतर दृश्यता की सुविधा के लिए, भोजन नली में थोड़ी मात्रा में हवा का दबाव डाला जा सकता है, जो पाचन तंत्र का विस्तार करने में मदद करता है। यह एंडोस्कोप को स्वतंत्र रूप से हिलने-डुलने देता है और पाचन तंत्र की परतों की जांच करना आसान बनाता है। अतिरिक्त हवा से दबाव या भारीपन की अनुभूति हो सकती है। ऊतक के नमूने (बायोप्सी) लेने या पॉलीप्स को हटाने के लिए एंडोस्कोप के माध्यम से विशेष सर्जिकल उपकरण पास किए जा सकते हैं। एक बार परीक्षा पूरी हो जाने पर, एंडोस्कोप को धीरे और धीरे-धीरे आपके मुंह से वापस खींच लिया जाता है।