PFAPA सिंड्रोम के निदान के लिए, डॉक्टर द्वारा बच्चे के विस्तृत चिकित्सा इतिहास और उसके लक्षणों का गहन मूल्यांकन किया जाता है। इसके बाद, किसी भी संभावित शारीरिक निष्कर्ष की पहचान करने के लिए शारीरिक परीक्षण किया जाता है। यह सुनिश्चित करने के लिए कि लक्षण संक्रमण, ऑटोइम्यून बीमारियों, या विभिन्न बुखार सिंड्रोम जैसी अन्य स्थितियों के कारण नहीं हैं, अतिरिक्त नैदानिक परीक्षणों का अनुरोध किया जा सकता है।