Une grande variété de maladies peut être observée dans l'œsophage. Celles-ci incluent principalement : les tumeurs du cou, de l'œsophage intrathoracique et de la jonction gastrique ; les formations en forme de poche telles que les diverticules de Zenker, midthoraciques ou épiphréniques ; les grandes hernies où plus d'un tiers de l'estomac pénètre dans la cavité thoracique ; les troubles de la motilité comme l'achalasie et le spasme œsophagien ; ainsi que des conditions telles que les sténoses, brûlures, déchirures œsophagiennes et la fistule trachéo-œsophagienne.