La cryothérapie à l'azote liquide ne convient pas à tous les patients diagnostiqués avec des tumeurs osseuses malignes. Son application est généralement contre-indiquée ou moins efficace dans les scénarios suivants :
* Tumeurs s'étant étendues à une articulation adjacente.
* Tumeurs présentant des métastases dans d'autres parties du corps.
* Tumeurs ayant complètement enveloppé des structures neurovasculaires critiques.
* Le traitement présente également une efficacité réduite dans les tumeurs n'ayant montré aucune réponse à une chimiothérapie ou une radiothérapie antérieure.