Pendant une coloscopie, les patients ne ressentent généralement aucune douleur ou gêne grâce à l'anesthésie ou la sédation administrée. Les plaintes les plus fréquemment exprimées par les patients sont de légères douleurs gazeuses pouvant survenir après la procédure. Pour atténuer ces inconforts, il est recommandé de boire beaucoup de liquides et de faire de courtes promenades après l'intervention.