El tratamiento de la enfermedad del seno pilonidal requiere un enfoque personalizado para cada paciente, ya que no existe un método quirúrgico único y estándar. El plan de tratamiento se determina considerando la etapa de la enfermedad y el estado general del paciente.

En casos de absceso agudo del seno pilonidal, generalmente se realiza un drenaje de emergencia (vaciamiento del absceso). Esta afección puede provocar dolor intenso e infección. Después de un drenaje simple del absceso, el paciente puede ser preparado para una operación electiva (planificada). Alternativamente, también existe una alta probabilidad de curación con una sola cirugía al extirpar la piel sobre la cavidad del absceso en forma de colgajo y permitir que la herida cicatrice por segunda intención.

Para la enfermedad crónica del seno pilonidal, se encuentran disponibles varias opciones de tratamiento. Los enfoques de tratamiento conservadores incluyen la estimulación de la formación de tejido de granulación irritando la cavidad con fenol, cauterización, crioterapia, nitrato de plata o alcohol. Si bien estos métodos son menos costosos, pueden ocurrir complicaciones como problemas de cierre de heridas, y la tasa de recurrencia es de aproximadamente el 5%.

Los métodos de tratamiento quirúrgico incluyen:
* Cistotomía: Un método en el que se abre la parte superior de la cavidad sinusal y se permite que la herida cicatrice por segunda intención. La tasa de recurrencia está entre el 5 y el 19%.
* Cierre Primario: La herida se sutura borde a borde después de extirpar el seno. La tasa de recurrencia es de alrededor del 15%.
* Cistectomía y Cicatrización Secundaria: El objetivo es permitir que la herida se cierre por sí misma después de extirpar el quiste, dejándola abierta. Este proceso puede tardar de 1 a 2 meses y requiere cambios de apósito diarios. La tasa de recurrencia está entre el 1 y el 6%.
* Microsinususectomía: Este método, preferido especialmente para senos pequeños, implica la extirpación del seno junto con su cápsula y la reparación primaria. La tasa de recurrencia es de aproximadamente el 15%.
* Métodos con Colgajo (Cirugía Cerrada): En situaciones donde la cavidad creada después de la extirpación del quiste es demasiado amplia para un cierre primario, se movilizan los tejidos circundantes para cerrar el espacio. Los tipos incluyen el colgajo de Limburg, el colgajo de rotación y el colgajo en Z. Estos métodos se consideran superiores a otros, y sus tasas de recurrencia (0-3%) son muy bajas. La menor tensión en los bordes de la herida resulta en menos dolor para los pacientes y un regreso más rápido al trabajo. La única desventaja es que el sitio de la incisión quirúrgica podría ser ligeramente más grande.
* Tratamiento Endoscópico del Seno Pilonidal (EPSiT): En esta técnica moderna, se utiliza una cámara delgada para entrar en la cavidad sinusal y, a diferencia del láser, la estructura interna del seno se ablaciona térmicamente bajo visión directa. Destaca como una opción nueva y atractiva debido a su ausencia de dolor y un regreso más rápido a la vida diaria. Las tasas de recurrencia son similares a los métodos láser.

Durante la cirugía del seno pilonidal, el paciente generalmente se acuesta en posición prona. Las opciones de anestesia pueden incluir anestesia local, anestesia espinal (epidural) o anestesia general. El tipo de anestesia a administrar antes de la cirugía es decidido conjuntamente por el anestesiólogo, el cirujano general y el paciente.